Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8476	COc1ccc(C2CCN(C(=O)c3ccc(C(N)=O)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8477	COc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(C)nc4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8478	COc1ccc(C2CCN(C(=O)c3ccc4ccc(C#N)cc4n3)CC2)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8479	COc1ccc(C2CN(C(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)C(=O)c3ccccc3C2=O)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8480	COc1ccc(-c2ccnc3cc(N)ncc23)cc1C(=O)N1CCC(n2c(=O)[nH]c3ccc(F)cc32)CC1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8481	COc1ccc(-n2c(-c3ccc(N4CCN(C(N)=O)CC4)cc3)cnc2-c2ccc(C)nc2OC2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8482	COc1ccc(C2CCN(C(=O)c3ccc4c(c3)ncn4-c3cc(C)nc(C)n3)CC2)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8483	COc1ccc(-n2c(CCS(=O)(=O)NCc3cnc(-c4ccc(F)cc4)s3)cc3ccccc32)cc1	AlphaDrug	6MNV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8484	Cc1cc2n(-c3ccc(C4CCC(C(=O)O)CC4)cc3)c(C(=O)NCC(O)(c3ccc(F)cc3)C(F)(F)F)nc3c(n1)C=CCC3CC2	AlphaDrug	4XTW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8485	O=C(NC(C(=O)NCC(F)(F)F)C(=O)NNC(Cc1ccccc1)C(F)(F)F)c1ccc(C2CCC(C(=O)O)CC2)cc1	AlphaDrug	4XTW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8486	O=C(O)CNC(=O)C1(C(=O)O)CCCN(C(=O)c2ccc(C(=O)N3CCCC3C(=O)NCc3ccccc3)cc2)C1	AlphaDrug	4XTW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8487	O=C(NC(CC(F)(F)F)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)N1CC(C(=O)O)C1)OCc1ccccc1	AlphaDrug	4XTW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8488	O=C(CC(NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)NC1(C(=O)O)CCCN(C(=O)C2CCCC2)C1)NCc1ccccc1	AlphaDrug	4XTW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8489	O=C(O)CNC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccc(C2CCC(C(=O)O)CC2)cc1	AlphaDrug	4XTW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8490	O=C(O)CNC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCC1NC(=O)c1ccc(NC(=O)C2CCCC(C(=O)O)C2)cc1	AlphaDrug	4XTW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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