DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8566 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)c(C(C)(C)C)n4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8567 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCCC3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8568 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)c(Cl)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8569 Cc1cccc(C)c1Sc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCCC2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8570 Cc1ccc(Oc2cccc(-c3ncnc4cc(S(=O)(=O)NCCCC(C)C)ccc34)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8571 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C5CCCCC5)cc4)CC3)c2)cc1F AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8572 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8573 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)c2)c(Cl)c1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8574 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCCc3ccccc3)c(F)c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8575 Cc1ccc(Oc2cccc(N3CCN(c4ccc(C(=N)N)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8576 NC(=O)C1C=CC(Oc2cccc(-c3nc(NC4CCCCC4)ccc3Cl)c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8577 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc3nc(CC4CCCCC4)nnc3c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8578 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCC(F)(F)C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8579 COc1ccccc1CC1CCN(c2ccc3nc(COCC(F)(F)F)nc(N)c3c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8580 COc1ccccc1CC1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(OCCc3ccccc3)c(F)c2)CC1 AlphaDrug 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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