Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8611	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)C(=O)N1CCCCCC1)C(=O)O	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8612	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(CC(=O)NC(=O)CCCc2ccccc2)CC1)C(=O)O	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8613	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCC1)C(=O)Nc1cccc(C(=O)O)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8614	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc3c(O)cc(O)cc23)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8615	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc3c(O)c(O)ccc23)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8616	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)C(C)C)C(=O)N1CCCCC1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8617	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)C(=O)NC(=O)N1CCCCC1)C(=O)O	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8618	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)C(C)C)C(=O)N1CCC(C2CCCC2)CC1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8619	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8620	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1cccnc1)C(=O)Nc1cccc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NC(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8621	CNC1CCN(C2CCN(C(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(Cc3ccccc3)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc3ccccc3)C(=O)NC(=O)C(C)C)CC2)CC1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8622	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)C)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1	AlphaDrug	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8623	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc3ncccc23)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8624	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8625	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C3CCCC3)c2)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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