Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8656	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)(C)C)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8657	CC(C)CC(NC(=O)Cc1ccccc1)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8658	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)C(=O)NC(C)C(=O)O)C(=O)Nc1ccccc1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8659	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(N2CCN(C(=O)C3CCCC3)CC2)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8660	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)C(C)(C)C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)O)nc1-c1ccccc1	AlphaDrug	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8661	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc3c(O)cccc23)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8662	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8663	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc3cc(OCCCO)ccc23)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8664	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cnc3ccccc3c2)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8665	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)Nc1ccccc1)C(N)=O	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8666	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)C(=O)N(C(=O)O)c1ccccc1)C(=O)NC(=O)c1ccc(O)cc1	AlphaDrug	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8667	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc3nc(OCCO)ccc23)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8668	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)N)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc3cc(OCCO)ccc23)c1	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8669	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)C(=O)N1CCCC1)C(=O)O	AlphaDrug	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8670	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)C(C)C)C(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1	AlphaDrug	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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