DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8701 Cc1ccc2cccc(CNC(=O)Cc3ccc(C)c(C(F)(F)F)c3)c2c1 AlphaDrug 6G2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8702 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3ccc(C)cc3c2)cc1 AlphaDrug 6G2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8703 Cc1ccc(C(=O)NCc2cccc3ccc(C)cc23)c(CNC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 6G2C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8704 O=C(Nc1ccc(NC2CCCCCC2)cc1C(=O)O)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8705 O=C(O)c1cn(-c2ccc(OCC(O)c3ccc4ccccc4c3)c(Cl)c2)c2ccccc12 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8706 COc1ccc(-c2cc(-c3c(-c4ccc(C(=O)O)cc4)ncn3C3CC3)[nH]n2)cc1 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8707 O=C(O)c1cc(NC2CCCCCC2)ncc1Nc1nc2ccccc2n1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8708 O=C(O)c1cc(NC2CC2)ncc1Nc1nc2ccccc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8709 O=C(O)COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(Cl)c(Cl)c3)nn3c(NC4CCN(c5cccc(Cl)c5)C4)cc(C(=O)O)c23)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8710 O=C(O)c1cc(NC2CCCCC2)ncc1Nc1nc2ccccc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8711 O=C(O)c1cc(NC2CCCCC2)cc(O)c1C(=O)N1CCC2(C(=O)O)CCCC2C1 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8712 O=C(O)c1cc(NC2CCCCC2)ccc1-c1cc2nc(-c3ccc(F)cc3)[nH]c2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8713 O=C(O)c1cnc(NC2CC=CC(O)CC2)nc1Nc1nc2ccccc2o1 AlphaDrug 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8714 Cn1c(=O)n(Cc2cccc(C(=O)O)c2)c2ccc(C(F)(F)F)cc21 AlphaDrug 4XT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8715 Cn1cc2cc(C(C)(C)CC3CCCCC3)ccc2n1 AlphaDrug 4XT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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