DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8761 CC(=O)Nc1ccc(CCN2CCC(c3ccccc3)CC2)cc1C(=O)NCCN1CCCC1 AlphaDrug 5EYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8762 CC(=O)N1CCN(C(=O)c2ccc(NC(=O)c3ccc(C)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5EYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8763 CC(=O)Nc1ccc(COc2cc(NC(=O)NC(C)(C)C)ccc2C)cc1C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 5EYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8764 CC(CNC(=O)C(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8765 NC(=O)C1CCCCNC1Cc1ccc(C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8766 CC1NC(=O)C(c2ccc(N3CCCOC(NC(=O)c4ccc(C(C)C)cc4)C3=O)cc2)OC1=O AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8767 CC(C)c1ccc(C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NC(Cc2ccc(N=C3CCCCC3)cc2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8768 CC(C)c1ccc(C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NC(Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2F)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8769 CC(C)c1ccc(C(C)(C)NC(=O)c2ccc(C3C=CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8770 CC(=N)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(N)c1ccc(CC(NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8771 CC(C)c1ccc(-c2cc3cccc(CC(=O)O)c3cc2Cc2cccc(OC(F)F)c2)nc1 AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8772 CC(C)c1ccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(N)=O)cc1 AlphaDrug 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8773 Cc1nc(C(=O)NCC(C)(C)C)nc2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)ccc12 AlphaDrug 5VC4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8774 Cc1ccc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)cc1CC1CCC(C(=O)NS(C)(=O)=O)CC1 AlphaDrug 5VC4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8775 Cc1ccc(-c2cccc(Cl)c2)cc1CC(NC(=O)OCC1CCCCC1)c1ccccc1 AlphaDrug 5VC4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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