Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8806	CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)Nc1ccc(F)c(O)c1	AlphaDrug	6B1K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8807	CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)N1CCC(NC(=O)c2ccccc2)CC1	AlphaDrug	6B1K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8808	Cc1cc(F)ccc1NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)NC(C)(C)C	AlphaDrug	6B1K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8809	CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)Nc1ccc(Cl)c(Cl)c1	AlphaDrug	6B1K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8810	CCOc1ccc(-c2nn(Cc3ccccc3)c3nc(-c4ccccc4)ccc23)cc1OC	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8811	CCOc1cc(-c2nnc(-c3ccccc3)s2)ccc1NC(=O)c1cc(Cl)c(C)c(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8812	CCOc1ccc(-c2nc(NC(=O)c3cc(C)c(C(F)(F)F)cn3)c(C)cc2C)cc1OC	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8813	CCOc1ccc(-c2nnc(-c3ccc(CCN4CCOCC4)cc3)[nH]2)cc1OC	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8814	CCOc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)cc(NC(=O)c3ccc(CO)cc3)n2)cc1OC	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8815	CCOc1ccc(Nc2ncc(C(=O)NCc3ccccc3)c(C3CCCCC3)n2)cc1	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8816	CCOc1cc(-c2nc3nc[nH]c3cc2C(=O)NCc2ccc(Cl)cc2)ccc1OC	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8817	CCOc1ccc(-c2nnc(Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)s2)cc1OCC	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8818	CCOc1ccc(-c2nc(-c3cn(C)c4cc(C(=O)NNC(C)C(C)CC(C)CC(=O)O)ccc34)no2)cc1OC	AlphaDrug	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8819	CCOc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)cc(NC(=O)NCc3ccccc3)n2)cc1OC	AlphaDrug	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8820	CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc2cc(-c3cnn(CC(O)C(F)(F)F)c3)ccc2cn1)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	6EX1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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