DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8851 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)Cn4ccc(CCCC(F)(F)F)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8852 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(C5(C(=O)O)CC5)cc4)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8853 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccccc4)CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8854 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)Cc4cccc(-c5ccccn5)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8855 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc([N+](=O)[O-])cc4)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8856 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C(Cc3ccccc3)N3CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC3CC(O)COCC(O)CO)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8857 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(C(N)=O)cc4)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8858 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N\C(=O)Cc4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8859 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)c4ccc(-c5cccnc5)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8860 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3CC3C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8861 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8862 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(-c3ccnc(NCC(O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8863 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8864 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)c4cccc(C5(c6ccc(C7CC7)cc6)CCCC5)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8865 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N\CC(O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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