Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
8896	COC(=O)C(Cc1cccc(C(=O)O)c1)NC(=O)c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8897	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)c4cccc(-c5cccc(C6CC6)c5)c4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8898	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N\C(=O)Cc4cccc(C5CCCC5)c4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8899	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8900	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(-c3ccc(CNC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)n2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8901	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)Nc4cccc(C5CC5)c4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8902	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(-c5ccccc5)cc4)CCCC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8903	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(O)c(NC(=O)c5ccc(C(F)(F)F)cc5)c4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8904	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(-c3cnnn3CC(O)C(O)c3ccc(C4CC4)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8905	Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(C(=O)O)cc4)CCCC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8906	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(C(=O)O)cc4)CCCC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8907	COC(=O)C(Cc1cccc(C(=O)O)c1)NC(=O)c1cccc(-c2cccc(CNC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)c1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8908	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C(Cc3ccccc3)NC(=O)c3ccc(C4CCCC4)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8909	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)c4ccc5c(c4)CCCO5)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
8910	CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(S(=O)(=O)c5ccc(O)cc5Cl)cc4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4RN0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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