DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8911 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(NC(=O)c5ccc(C(F)(F)F)cc5)cc4)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8912 COC(=O)C(Cc1cccc(C(=O)O)c1)NC(=O)c1cccc(-c2cccc(C3(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8913 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)c4cccc(-c5cccc(C(=O)O)c5)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8914 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(-c5ccnc(C6CC6)c5)cc4)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8915 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(/C(N)=N/C(=O)Cc4cccc(-c5ccc(Cl)cc5)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8916 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(C3(c4ccc(OCc5ccccc5)cc4)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8917 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccc(Cl)c(F)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8918 Cc1ccc(C(=O)c2ccc(-c3cc(OCC4CC4(C)C)cc(C(F)(F)F)c3)s2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8919 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(Nc4nccc(N5CCNCC5)n4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8920 C=C(c1ccc(C)cc1)c1cccc(Nc2nccc(-c3cccc(F)c3)n2)c1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8921 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(CCC(=O)Nc4cccc(Cl)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8922 Cc1ccc(C(C)NC(=O)c2cccc(OCC(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8923 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3oc4cc(Cl)ccc4c3C)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8924 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccn4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8925 C=C(C(=O)N1CCC(c2ccc(C(=C)c3ccc(C)cc3)cc2)CC1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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