DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
8956 Cc1ccc(C(=O)c2ccc(OCCO)c(-c3cccc(OCC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8957 Cc1ccc(C(=O)c2ccc(OCC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8958 Cc1ccc(C(=O)Cc2cccc(-c3cccc(OCC(=O)Nc4cccc(Cl)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8959 Cc1ccc(C(C)(C)CC(=O)c2cccc(OCC(=O)Nc3cccc(Cl)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8960 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4cc(C(F)(F)F)ccc4Cl)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8961 Cc1ccc(C(=O)c2ccc3c(C(=O)N(C)c4cccc(O)c4)ccnc3c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8962 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(C3CCN(CC(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)F)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8963 COc1cccc(NC(=O)COc2cccc(C(=O)CC(C)(C)C(=O)c3ccc(C)cc3)c2)c1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8964 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(OC(=O)Nc4cccc(Cl)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8965 Cc1cc(Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(-c2cccc(OCC(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8966 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4cc(C)c(F)c(Cl)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8967 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccc(F)c(Cl)n4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8968 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(OCC(=O)Nc4ccccc4)c3C)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8969 CC(C)CC(NC(=O)c1cc(-c2cccc(OCC(=O)Nc3cccc(F)c3)c2)n[nH]1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
8970 Cc1ccc(C(=O)c2cccc(-c3cccc(OCC(=O)Nc4cccc(N5CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC5)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

8956 to 8970 of 73725 items. Total 4915 pages.