DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9016 CC(C)c1ccc(-c2cc(C(C)(O)c3ccc(F)c(Cl)c3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9017 CC(C)c1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9018 CC(C)c1ccc(-c2cc(F)c(F)c(NC(=O)N3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9019 CC(C)c1ccc(-c2cc(C(=O)O)ccc2Cc2nc3c(O)cccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9020 Cc1ccc(NC(=O)N2CCC(C)C2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9021 CC(C)c1ccc(-c2cc(C(=O)O)ccc2Cc2c[nH]c3ccccc23)cc1O AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9022 Cc1cc(Cl)c(NC2CCN(C(=O)O)CC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9023 Cc1ccc(NC2CCc3ccccc3O2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9024 CC(C)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(N4CCNCC4)c3)cc2)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9025 Cc1ccc(NC(=O)C2CC(O)C2O)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9026 Cc1cc(F)c(NC(=O)N2CCCC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9027 CC(C)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)c(NC(=O)N3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9028 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NC3CCC(c4cccc(F)c4)C3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9029 CC(C)c1ccc(-c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2O)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9030 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3CCCC3)c(Cl)cc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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