DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9031 Cc1c(-c2ccc(C(C)C)cc2)cc(NC(=O)N2CCCC2)c(F)c1Cl AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9032 Cc1cc(Cl)c(NC(=O)N2CCCCC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9033 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9034 Cc1cc(C)c(-c2ccc(C(C)C)cc2)cc1NC(=O)N1CCCC1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9035 Cc1cc(F)ccc1-c1ccc(C(C)C)c(Cc2ccc(Cl)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9036 CC(C)c1cccc(-c2cc(NC(=O)N3CCCC3)c(Cl)cc2O)c1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9037 Cc1c(F)cc(NC(=O)C2(c3cccc(F)c3)CC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9038 CC(C)NC(=O)Nc1cc(-c2ccc(C(C)C)cc2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9039 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3CCOCC3)c(Cl)cc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9040 Cc1cc(C(=O)O)c(NC(=O)C(C)C)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9041 Cc1ccc(NC(=O)N2CCC(Oc3ccc(F)cc3)CC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9042 Cc1cc(O)c(-c2ccc(C(C)C)cc2)cc1NC(=O)N1CCCC1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9043 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3CCCC3)cc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9044 CC(C)c1ccc(-c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9045 Cc1cc(Cl)c(NC(=O)N2CCCC2)cc1-c1ccc(C(C)C)c(C)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

9031 to 9045 of 73725 items. Total 4915 pages.