Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9091	NC(=O)c1ccc(C(=O)N2CCC3(CC(C(=O)O)C3=O)C2)cc1	AlphaDrug	4QPL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9092	O=C(NS(=O)(=O)c1ccccc1)c1ccc(-c2cccc3cnncc23)cc1N1CCCC(C(=O)O)C1	AlphaDrug	4QPL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9093	O=C(O)C1CC2(CCN(c3ccc(Cl)cc3)C2)CN1S(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc3c(c2)CCO3)cc1	AlphaDrug	4QPL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9094	O=C(O)C1CC2(CCN(c3ccc(Cl)c(O)c3)C2)CN1C(=O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	4QPL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9095	CNC(=O)c1cc(N2CCC(N(C)C)CC2)cc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(Cl)c3)CC2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9096	Cc1cc(-c2ccc(-c3nnn[nH]3)cc2)cc(NS(=O)(=O)c2ccc(N3CCOCC3)cc2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9097	CNC(=O)c1cc(N2CCC(N3CCN(C)CC3)CC2)cc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc([N+](=O)[O-])c3)CC2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9098	CNC(=O)c1cc(C#N)cc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cc(C(C)(C)C)ccn3)CC2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9099	CNC(=O)c1cc(N2CCCC2)cc(S(=O)(=O)NCC2CNC(=O)c3ccc(Cl)cc3C2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9100	CNC(=O)c1cc(C#N)cc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cc(C(C)(C)C)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9101	CNC(=O)c1cc(S(=O)(=O)c2ccccc2)cc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cc(C(C)(C)C)ccn3)CC2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9102	CNC(=O)c1cc(N2CCCCC2)cc(S(=O)(=O)N2CCC(NC3CCOCC3)CC2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9103	CNC(=O)c1cc(-c2ccc(C)cc2)cc(S(=O)(=O)N2CCOC(=O)C2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9104	CNC(=O)c1cc(S(=O)(=O)c2ccc(F)cc2)cc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cc(C(C)(C)C)ccn3)CC2)n1	AlphaDrug	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9105	Cc1ccc2c(ncn2-c2cc(N3CCOC(C)C3)cc(C(F)(F)F)c2)c1-c1cnnn1C	AlphaDrug	5L7G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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