Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9136	CC1(C)CCCC(C(=O)O)CC1(N)C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9137	CC1(C)CCC(c2ccc(-c3ccccc3)cc2)C=C1/N=C(/c1ccc(O)cc1)c1ccc(N2CCNCC2)cc1	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9138	CC1(C)CC(=O)Nc2cc(-c3n[nH]c4ccc(C(=O)O)cc34)ccc21	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9139	CC1(C)CN(c2ccc(N3CCOCC3)cc2)CCN1c1ccc(-c2nnnn2CC(=O)O)cc1	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9140	CC1(C)NCc2cc(-c3nnn(CCCN)c3-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc21	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9141	CC1(C)CCC(c2ccc(N3C=CN(C4CC4)CC3=O)cc2)C=C1/N=C(\N)Nc1ccc(N2CCCC2=O)cc1	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9142	CC1(C)CCC(/C=C(/O)C(=O)c2ccc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)Nc5ccccn5)CC4)cc3)cc2)C1	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9143	CC1(C)NCCCN1c1ccc(-c2n[nH]c3cc(C(=O)O)ccc23)cc1	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9144	CC1(C)CCC(C)(NC(=O)c2ccc(-c3ccc(N4CCC(N5CCCC5=O)CC4)nc3)cc2)c2ccccc21	AlphaDrug	5O9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9145	O=C(Nc1ccccc1)c1ccc(-c2ccc(O)c(Nc3ccccc3)c2)o1	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9146	O=S(=O)(Nc1cc(-c2ccc(O)c(O)c2)ccc1O)c1nc(-c2ccccc2)ccc1Cc1ccccc1	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9147	O=S(=O)(Nc1cc(-c2cc(OCCCC(F)(F)F)ccc2O)ccc1O)c1ccccc1	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9148	O=C(O)c1ccc(O)c(NS(=O)(=O)c2cc(-c3cccc(OCC(F)(F)F)c3)c3ccccc3n2)c1	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9149	O=S(=O)(Nc1cc(-c2ccc(-c3cccc(O)c3)cc2)ccc1O)c1cc(-c2ccccc2)c2ccccc2c1	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9150	O=C(O)N(Cc1ccccc1)c1cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)ccc1O	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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