DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9121 CC(=O)Nc1nc2ccc(Cl)c(Nc3ccc(C(=O)O)cc3)c2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9122 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3cc4cc(OCC(=O)O)ccc4o3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9123 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)Nc3cc(Cl)ccc3C)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9124 CC(=O)OC1(c2ccc(-c3cc4cc(OCc5ccc(Cl)cc5Cl)ccc4n(C)c3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9125 Cc1ccc(-c2cc3cc(Nc4ccc(C(=O)O)c(Cl)c4)cnc3n2C2CCC(NC(=O)c3cccc(Cl)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9126 Cc1ccc(-c2cc3cc(Nc4ccc(C(=O)O)c(Cl)c4)cnc3n2C2CCC(NC(=O)c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9127 CC(=O)N(C(=O)N1CCC(C(=O)O)CC1)C1C=CC(n2c(-c3ccc(C)cc3)cc3cc(Nc4ccc(C(=O)O)c(Cl)c4)cnc32)CC1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9128 Cc1ccc(-c2cc3c(Nc4cc(F)cc(C(=O)O)c4)nccc3s2)cc1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9129 Cc1ccc(-c2cc3cc(Nc4ccccc4C(F)(F)F)ncc3n2C2CCC(N3C(=O)NC3=O)CC2)cc1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9130 Cc1ccc(-c2cc3cc(F)c(NC(=O)NCc4ccc(-c5ccccc5)cc4)cc3o2)cc1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9131 Cc1ccc(-c2cc3c(Nc4ccc(C(=O)O)cc4)nc(N4CCC5(CC4)CN(C(=O)O)CCO5)nc3s2)cc1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9132 Cc1ccc(-c2nnn3cccc(OC(F)F)c23)cc1NC(=O)NC1CC1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9133 Cc1ccc(-c2cc3cc(Nc4ccc(C(=O)O)c(Cl)c4)cnc3n2C2CC2)cc1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9134 Cc1ccc(-c2cnn(-c3cc(NC(=O)NCc4ccccc4)ccc3F)c2NC(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9135 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)CN)C(=O)O AlphaDrug 5O9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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