Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9181	COc1ccc(NC(=O)C2CCN(C(=O)CCc3ccc(C(=O)O)cc3)C2)cc1	AlphaDrug	6CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9182	COc1ccc(NC(=O)C2CCCCC2)cc1C(=O)Nc1ccc(C)c(-c2ccc(CC(=O)O)cc2)c1	AlphaDrug	6CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9183	COc1ccc(Cc2n[nH]c3ccc(C(=O)O)cc23)cc1	AlphaDrug	6CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9184	COc1ccc(CCc2c(C)nn(C)c2C(=O)C2CCN(C(C)C)CC2)c2ccccc12	AlphaDrug	6CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9185	CC(CC(=O)N1CCCC1(C)c1cccnc1)(CN1C(=O)c2ccccc21)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9186	CC(C)CC(NC(=O)C(CC(N)C(=O)O)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)N)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(N)=O	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9187	CC(C)CC(NC(=O)c1cccc2ccccc12)C(CC(=O)O)NC(=O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9188	Cc1cc(-c2ccc(F)cc2OCC(=O)O)ccc1N1CCN(CC(=O)NC(C)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)O)CC1	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9189	CC(C)CC1C=CCC(C)C(NC(=O)C(C)C(N)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)OC(C)(C)C)C1=O	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9190	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)c1cccc2cccnc12)C(=O)NCC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(CCCN)C(=O)NC(CCN)C(=O)O	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9191	CC(C)CC1C2CC(NC(=O)c3ccc4cccnc4c3)CC2C1(C)c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9192	CC(=O)NC(C)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)N1CCCC1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9193	CC(C)CC(NC(=O)C(C)N)C(=O)N1CCCC1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9194	CC(C)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)CN)C(=O)N1CCCC1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5EDD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9195	CN(C)CCOc1ccc(-c2cc(C(=O)NO)cc3ccccc23)cc1	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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