DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9211 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 6BDY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9212 Cn1cc(-c2cc(-c3cc(NCc4ccc(C(F)(F)F)cc4)ccn3)cc(N)c2C(=O)O)cn1 AlphaDrug 6BDY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9213 Cc1cc(-c2cnn(C)c2)cc(NC(=O)Nc2ccc(OCC3CCCCC3)c(F)c2)n1 AlphaDrug 6BDY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9214 CC(C)CC(C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccc2cc(C(=O)O)ccc2n1)N(C)C(=O)O AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9215 CC(C)CC(NC(=O)c1ccccc1)/C(O)=C/C(=O)N1CCC(NCc2cccc(O)c2)CC1=O AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9216 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2cccnc2)cc1)C(=O)O AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9217 CC(C)CC(NC(=O)c1ccccc1)/C(O)=C/C(=O)N1CCC(N(Cc2cnc[nH]2)C(=O)c2ccc(Cl)cc2)CC1=O AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9218 CC(C)CC(NC(=O)c1ccccc1)/C(O)=C/C(=O)N1CCC(n2cnc3cc(C(=O)O)ccc32)CC1=O AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9219 CC(C)CC(C(=O)NC1CCCC(C(=O)O)N(C)C1=O)N(O)C(=O)C(C)NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)s1 AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9220 NC(N)=NCC(O)Oc1ccc(Cl)cc1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1 AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9221 CC(C)CC(NC(=O)c1ccccc1)/C(O)=C\C(=O)N1CCC(NC(Cc2cnc[nH]2)C(=O)O)CC1=O AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9222 CC(C)CC(NC(=O)c1ccccc1)/C(O)=C/C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(N)=O AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9223 CC(C)CC(NC(=O)c1ccccc1)/C(O)=C/C(=O)N1CCC/C(=C(/O)C(=O)N(C)C)CC1 AlphaDrug 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9224 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5CCN(C(=O)O)C5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9225 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C4CCCC(C)(O)C4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

9211 to 9225 of 73725 items. Total 4915 pages.