DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9256 COc1ccc(C(=O)C(C)c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9257 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5CCNCC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9258 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C4=NC(=O)N(c5cncnn5)CC4(C)C)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9259 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cc(C(=O)O)cc(C(O)c4ccccc4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9260 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(N4CC(O)C5(CCCC5)C4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9261 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5=CCCCC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9262 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(O)c4ccccc4O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9263 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5CCCC5O)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9264 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5=NCCCC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9265 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(/C(O)=N/C(=O)c4ccccc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9266 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5=NCCN5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9267 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)N4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9268 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(-c4ccccc4)n3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9269 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)NC4CCC(O)CC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9270 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5=NCC(O)C5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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