DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9241 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4CC(N)C(O)C4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9242 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4CCC(C(O)c5ccccc5)C4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9243 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)NC4(c5ccccc5)CCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9244 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4=CCCC=C4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9245 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(O)C(O)c4ccccc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9246 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)C4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9247 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc4cc(CC(=O)O)ccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9248 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(O)c4ccc(NC5CCCC5)cc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9249 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C4=CCN(C(=O)O)CC4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9250 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5=NCN(c6ccccc6)CC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9251 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(/C(O)=N\C4CCCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9252 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5CCN(C)CC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9253 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(/C(O)=N\C4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9254 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(O)c4ccc5ccccc5n4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9255 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5(C(=O)O)CCC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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