DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9226 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9227 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9228 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(/C(O)=N/C4CCN(c5cccc(C(=O)O)c5)CC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9229 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc([N+]5(O)CCCCOC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9230 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4CC(O)CC4O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9231 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4CCCCN4C(=O)CO)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9232 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(O)c4nc(C(=O)O)cnc4OC(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9233 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4CCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9234 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5=NN(c6ccccc6)CCC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9235 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5CCN(Cc6ccccc6)CC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9236 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC4CCCCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9237 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)NC(C)c4ccccc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9238 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)NC4CC(O)CC4O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9239 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5=NCCC5O)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9240 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(-c4nnn[nH]4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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