Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9196	COC1C(N(C)C(=O)c2ccc(Cl)cc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9197	CCc1ccccc1-c1ccc(C(=O)N(C)C2CC3OC(C)(C2OC)n2c4ccccc4c4c5c(c6c7ccccc7n3c6c42)C(=O)N=C5)cc1	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9198	CC(C)CCNC(=O)c1ccc(-c2cc(Oc3ccc(C(=O)OC(C)(C)C)cc3)ccc2C#N)cc1	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9199	COC1C(N(C)C(=O)c2ccc(O)cc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9200	COc1ccc(C(=O)NCCC2NC(=O)N(C)C(=O)NC(C(=O)NO)C2=O)cc1OC	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9201	COC1C(N(C)C(=O)c2ccc(-c3ccccc3C(F)(F)F)cc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9202	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9203	COC1C(N(C)C(=O)c2ccc(C(N)=O)cc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6PIA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9204	Cn1c(Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)nc2c(-c3cccc(C(=O)O)c3)nn(C3CC3)c21	AlphaDrug	6BDY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9205	Cn1cc(-c2n[nH]c3nc(-c4ccc(CN5CCOCC5)cc4)cc(NCc4cccnc4)c23)cn1	AlphaDrug	6BDY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9206	COc1ccc(-c2cc(Nc3ccc(C(=O)NC4CCCN(C)C4)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	6BDY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9207	Cc1c(-c2cnn(C)c2)cc(Nc2ccc(C(=O)NC3CC=CC(N4CCN(C)CC4)CC3)cc2)nc1N	AlphaDrug	6BDY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9208	Cc1c(/N=C/c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc(-c2ccnc(NCc3cccc(N4CCN(C(=O)C5C6OC65)CC4)c3)n2)cc1-c1cnn(C)c1	AlphaDrug	6BDY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9209	Cn1cc(-c2cc(O)cc3/c2=C\C=C/C=c2\c=3nc(NC(=O)Cc3cccc(F)c3)n2C2=CC=CC2)cn1	AlphaDrug	6BDY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9210	Cn1cc(-c2nc(N)c3nc(N)nc(NCc4ccc(-c5ccccc5F)cc4)c3n2)cn1	AlphaDrug	6BDY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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