DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9166 CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(-c4cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c4)c(-c4cccc(OCC(=O)O)c4)[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9167 CC(C)N1C=CC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(-c4ccc(-c5cnn[nH]5)cc4)c(-c4cccc(OCC(=O)O)c4)[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9168 CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(C(=O)O)c(-c4cc(-c5cccc(Cl)c5)no4)[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9169 CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3noc4cc(-c5cccc(C(=O)O)c5)[nH]c34)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9170 CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(-c4cccc5[nH]ccc45)c(-c4cccc(OCC(=O)O)c4)[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9171 CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(-c4ccc(F)c(F)c4)c(-c4cccc(OCC(=O)O)c4)[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9172 CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(-c4ccc(F)c(F)c4)c(-c4cccc(OCC(=O)O)c4)[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9173 CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(-c4ccc(N5CCOCC5)nc4)c(-c4cccc(OCC(=O)O)c4)[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9174 CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(-c4cccc(OCc5ccccc5)c4)c(-c4cccc(OCC(=O)O)c4)[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 6AS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9175 COc1ccc(CCc2nnc(-c3ccccc3)n2C)cc1OCC1CCCCCC1 AlphaDrug 6CSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9176 CC(=O)Nc1ccc(CCCC2CCC(NC(=O)c3ccc(C)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6CSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9177 COc1ccc(C2CCCCC2)cc1OCC(O)CN1CCC(NC(=O)C2CCCCCC2)CC1 AlphaDrug 6CSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9178 COc1ccc(CN2CCN(C(=O)C3CC3)C2)cc1C(=O)NCc1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6CSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9179 CC(=O)NCCCCCCCC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(CC3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6CSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9180 COc1ccc(CCc2cc(C(C)(F)F)c(O)cc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6CSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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