DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9106 CC(NC(=O)c1cc2ccccc2nc1Cc1ccccc1F)c1ccccc1 AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9107 CC1CN(c2cc(-n3cnc4ccc(-c5cncc(C(F)(F)F)c5)cc43)cc(C(F)(F)F)c2)CCO1 AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9108 Cc1cc(-c2cc(C(=O)N(C)C)cc(N3CCOC(C)C3)c2)cc2c1CCCC(=O)NC2 AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9109 COc1cnc(-c2ccc(-c3ccc(NC(=O)c4cc(N5CCOC(C)C5)cc(C(F)(F)F)c4)cc3)cc2)cn1 AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9110 Cc1ccc(-c2cc(N3CCOC(C)C3)c(O)nc2O)cc1C AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9111 CC1CN(c2cc(-n3cnc4ccccc43)cc(C(F)(F)F)c2)CCO1 AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9112 CC1CN(c2ccc(-c3cnnn3C)cc2)CCN1C(=O)c1cc2ccccc2nc1-c1ccccc1 AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9113 CC1CN(c2cc(C(=O)Nc3cc(O)cc(C(=O)Nc4cc(Cl)cc(Cl)c4Cl)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CCO1 AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9114 C#CCNC(=O)c1cc(C(=O)Nn2cc(-c3cncc(C(F)(F)F)c3)nn2)cc(N2CCOC(C)C2)c1 AlphaDrug 5L7G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9115 CC(=O)Nc1nc2cccc(Oc3ccc(-c4ccccc4)cn3)c2n1C AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9116 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)Nc3ccc4ccccc4c3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6FCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9117 CC(=O)Nc1nc2cccc(Oc3cccc(CNC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)c3)c2n1Cc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9118 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CCC1=O AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9119 CC(=O)Nc1nc2cc(C(=O)O)c(Cl)cc2n1Cc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9120 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc(C(=O)NCCCC/C(O)=C(\C)CCC(=O)O)cc3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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