DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9046 Cc1cc(Cl)c(NC(=O)NC2CCCC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9047 Cc1ccc(NC(=O)C2CC(O)C(O)C2O)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9048 Cc1c(-c2ccc(C(C)C)cc2)cc(NC(=O)N2CCCC2)c(F)c1F AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9049 CC(C)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9050 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3CCCCC3)c(Cl)cc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9051 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)C3CCCCC3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9052 Cc1cc(Cl)c(NC(=O)C2CCCC2)cc1-c1ccc(C(C)C)c(O)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9053 CC(C)c1ccc(-c2ccc3c(c2)C(C)(C)C(O)CC3)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9054 C/C(=C\c1ccc(O)c(Cc2ccccc2)c1)c1ccc(S(N)(=O)=O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9055 CC(C)c1ccc(-c2c[nH]c3cc(CN4CCCC4)ccc23)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9056 CC(C)c1cc(-c2ccc3c(c2)C2(CCCC2)C(=O)N3)ccc1OCC1CCCCC1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9057 CC(C)c1ccc(-c2c[nH]c3cc(C(N)=O)ccc23)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9058 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3CCN(C)CC3)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9059 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9060 Cc1ccc(NC(=O)NC2CCC(O)CC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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