DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9061 Cc1cc(Cl)c(NC(=O)N2CCN(C)CC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9062 CC(C)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9063 Cc1cc(Cl)c(NC2CCC(CO)NC(=O)C2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9064 Cc1cc(Cl)c(NC(=O)N2CCC(C)C2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9065 CC(C)c1ccc(-c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2O)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9066 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)C3CCCCC3)c(Cl)cc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9067 CC(C)c1ccc(-c2c[nH]c3c2C=CC3C2CCN(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9068 CC(C)c1ccc(-c2c[nH]c(-c3ccc4c(c3)C3(CCCC3)CCO4)n2)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9069 Cc1ccc(NC(=O)N2CCC(O)C2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9070 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3CCCC3)c3nc[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9071 CC(C)c1ccc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2O)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9072 CC(C)c1ccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)O)CC3)nc2O)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9073 Cc1ccc(NC(=O)N2CCN(C)CC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9074 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC3CCN(C(=O)c4ccc(F)cc4)CC3)ccc2OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9075 CC(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCCC(NC(=O)N2Cc3ccc(O)cc3C2)C1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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