DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9076 Cc1ccc(NC(=O)C2CC(O)C2=O)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9077 Cc1ccc(NC2CCN(C(=O)C(F)(F)F)CC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9078 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC3CCCCC3)c(Cl)cc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9079 CC(C)c1ccc(-c2cc(F)c(Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)c(NC(=O)CO)c2)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9080 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NC3(c4cccc(F)c4)CCCC3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9081 CC(C)c1ccc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9082 COc1cc(O)c(-c2ccc(C(C)C)cc2)cc1NC(=O)N1CCCC1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9083 Cc1cc(F)c(NC(=O)N2CCCCC2)cc1-c1ccc(C(C)C)cc1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9084 CC(C)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3CCCC3)c(F)cc2O)cc1 AlphaDrug 4AUA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9085 CC(C)c1ccc(-c2ccc(F)c(F)c2)cc1Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 4AUA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9086 O=C(O)C1CCC(Nc2ccc(Cl)cc2Cc2ccc(Cl)cc2)C1 AlphaDrug 4QPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9087 O=C(O)C1CC2(CCN(c3ccc(Cl)cc3)C2)CN1S(=O)(=O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4QPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9088 O=C(O)C1CC2(CCN(c3ccc(Cl)cc3)C2)CN1S(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc3sc(Cl)cc3c2)cc1 AlphaDrug 4QPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9089 O=C(O)C1CC2(CCN(c3cc(-c4ccc(Cl)cc4)ccc3O)C2)CN1S(=O)(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4QPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9090 N#Cc1cccc(N2CCC3(CC(C(=O)O)N(C(=O)c4ccc(Cl)cc4)C3)C2)c1 AlphaDrug 4QPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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