Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9151	O=C(O)c1cccc(-c2ccc(-c3ccc(O)c(NS(=O)(=O)c4cc(-c5ccccc5)c5ccccc5c4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9152	O=C(NCc1cccc(O)c1)c1ccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(F)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9153	O=C(Cc1ccccc1)N(O)c1cc(-c2ccc(O)c(O)c2)ccc1O	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9154	O=C(O)c1ccc(Cn2c(-c3ccc(O)cc3)c(C3C=CCCC3)c3ccccc32)cc1	AlphaDrug	5N17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9155	COc1ccc(-c2cnc(C)s2)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2ccc(C(=O)N3CC(O)C3)cc2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9156	COc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2ccc(C(=O)N3CC(C)(C)C3)cc2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9157	COc1ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(C(=O)c2ccc(N)nc2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9158	COc1ccc(C#N)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2ccc(C(=O)N3CC(F)(F)C3)cc2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9159	COc1ccc(-c2ccccc2F)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2ccc(C(=O)N3CC(C)(C)C3)cc2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9160	COc1ccc(-c2ccccc2C)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2ccc(C(=O)N3CC(F)(F)C3)cc2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9161	COc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)N3C=CC(N4CCOCC4)CC3)cc2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9162	COc1ccc(-c2nc(CC3CCCC3)n(C)c2C)cc1S(=O)(=O)NCCC1CCCCC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9163	COc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(C(=O)c2cccc(-c3ccc(F)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9164	COc1ccc(C#N)cc1S(=O)(=O)N1CCCN(c2ccc(-c3ncc(C(=O)N4CCOCC4)s3)cc2)CC1	AlphaDrug	3X00	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9165	CC(C)N1CCC(Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)c(-c4cccc(Cl)c4)[nH]3)c2)CC1	AlphaDrug	6AS8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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