DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9286 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4(c5ccccc5)CC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9287 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5CCCN(C(=O)O)CC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9288 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(/C(O)=N/C4(c5ccccc5)CCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9289 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5CCCCC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9290 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(O)c4cccc(C(=O)O)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9291 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3ccc(O)c(O)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9292 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C4=CC(N)CN(C(=O)O)C4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9293 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4CCCN(C(=O)C5CCCC5)CC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9294 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C(F)(F)c5ccc(OC)cc5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9295 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C4CCCCC(C)(O)C4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9296 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(/C(O)=N/C4CCCC(O)CC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9297 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(O)c4ccc(C5CCCC5)nc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9298 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C4CCN(C(=O)O)CC4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9299 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)NCC4CC(O)CC4O)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9300 COc1ccc(Cc2cc(C(=O)c3cccc(C(O)c4cccc(C5CCN(C(=O)O)CC5)c4)c3)ccc2OC)cc1 AlphaDrug 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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