DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9346 Cc1ccc(NC(=O)Nc2cccc(-c3ccc(-c4ccncc4)cc3C)c2)cc1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9347 Cc1cc(-c2cccc3ccccc23)ccc1-c1cccc(NC(=O)Nc2ccc(CCC3CCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9348 Cc1cc(-c2cncc(NC(=O)C3CC3)c2C)ccc1-c1cccc(NC(=O)Nc2ccc(CCC3CCC3)cc2)c1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9349 Cc1cc(-c2cccc(NS(C)(=O)=O)c2)ccc1-c1cc2c(C3CC3)cccc2[nH]1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9350 Cc1cc(-c2cccc3[nH]c(=O)[nH]c23)ccc1-c1cccc(NC(=O)Nc2ccc(CCC3CCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9351 Cc1cc(-c2cccc(NC(=O)C3CC3)c2)ccc1-c1cccc(NC(=O)NCCc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9352 Cc1cc(-c2ccnc3[nH]c(-c4ccccc4)cc23)ccc1-c1cccc(NC(=O)Cc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9353 Cc1ccc(NC(=O)c2cccc(-c3cc(N)nc(NC4CCCCC4)n3)c2)cc1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9354 Cc1cc(-c2cccc(NS(C)(=O)=O)c2)ccc1-c1cccc(NC(=O)C2(c3ccccc3)CCNCC2)c1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9355 Cc1cc(-c2cccc3ccccc23)ccc1-c1cccc(NC(=O)Nc2ccc(CCC3CCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 4CGA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9356 CCCC(NC(=O)c1ccc2c(c1)cc(C)n2CC1CCCCCC1)c1ccccc1 AlphaDrug 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9357 CCCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccccc3C(F)(F)F)ccc2C(=O)NCc2nnn(C)c2C)CC1 AlphaDrug 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9358 CCCC(NC(=O)c1ccc2cc(C)ccc2c1)c1cc(-c2nnn[nH]2)c(Cl)cc1C AlphaDrug 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9359 CCCC(NC(=O)c1ccc(-n2c(C)cnc2-c2ccc(C)cc2)cc1)C(=O)OC(C)C AlphaDrug 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9360 CCCC(NC(=O)c1ccc2cnc(C)c(Cl)c2c1)c1ccc(-c2nnn[nH]2)cc1 AlphaDrug 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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