DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9406 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(-c2ccnnc2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9407 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2(C(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9408 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4ccc(CN5CCCCC5)cc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9409 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4ccnc(N)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9410 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(=O)NC4CCC(N)C4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9411 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2(C(=O)Nc3ccc(F)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9412 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2c(C)cccc2C)cc1F AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9413 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4ccncn4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9414 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2(C(N)=O)CCC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9415 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(-c2ccc(F)c(F)c2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9416 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC(=O)Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9417 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(CCCc2ccccc2)cc1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9418 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2CCN(CC(=O)Nc3ccc([N+](=O)[O-])cc3)C2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9419 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(CCCc2cccnc2)cc1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9420 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(NC(=O)COc2ccccc2)cc1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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