DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9421 Cc1cccc(C)c1S(=O)(=O)Nc1cccc(-c2ccc(CCCCCC(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9422 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C2CC2)cc1F)c1ccc(C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9423 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2(C(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)CCCC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9424 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(=O)NC4CCCCC4C(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9425 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9426 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(NC(=O)CCCc2ccccc2)cc1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9427 Cc1ccc(OC2CCCCC2)cc1-c1cc(OC2CCCCC2)cc(C(N)=O)c1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9428 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2CCN(C(=O)C3CC3)C2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9429 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC(=O)C4CCCCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9430 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C4(C(=O)NO)CCN(C(N)=O)CC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9431 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9432 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2CCN(CC(F)(F)C(F)(F)F)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9433 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2(C(N)=O)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9434 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3n[nH]c(-c4ccccc4)n3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9435 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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