Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9481	CC(C)(C)c1ccc(-c2ccc3cccc(C4CCN(C(=O)c5c[nH]c6ccccc56)CC4)c3c2)cc1	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9482	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NCC(O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3n2)ccc1O	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9483	CC(O)C(NC(=O)c1ccc(O)cc1)C(=O)NC1CCCCN(c2ccc(OC(F)(F)F)cc2)C1=O	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9484	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(C(=O)c5ccc6ccccc6c5)CC4)c3c2)ccc1O	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9485	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NCC4CN(c5ccccc5)C4)c3c2)ccc1O	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9486	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)c3c2)ccc1O	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9487	CC(C)(C)c1cc(-c2ccc3cccc(C(=O)NCC4CCN(C(=O)c5ccccc5)C4)c3c2)ccc1O	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9488	COc1ccc(-c2ccc3c(O)c(C#N)ccc3n2)cc1C(C)(C)C	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9489	CC(C)(C)c1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	5O1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9490	COc1cc(-c2cnc(C(F)(F)Cc3cccc(Cl)c3)c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)ccc1O	AlphaDrug	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9491	Cc1c(Cc2ccccc2)n2ccc(cc2=O)c(=O)[nH]c(=O)c2cc(-c3ccccc3)ccc12	AlphaDrug	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9492	Cc1cc(C(=O)NCC(F)(F)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc2nn(-c3c(Cl)cccc3C(F)(F)F)cc12	AlphaDrug	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9493	CN1CCCC(OC2CCC(NC(=O)c3cc(C(F)(F)F)ncc3C(F)(F)F)C2)C1	AlphaDrug	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9494	Cc1cc(C(C)(O)c2cccc(Cl)c2)nn1Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1	AlphaDrug	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9495	CC1=C(Cc2cccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3C(=O)NO)c2)n2cnc(C(F)(F)F)c21	AlphaDrug	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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