DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9511 Cc1ccccc1-c1ccc(N2CCN(C(=O)c3cccc(Oc4ccccc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9512 Cc1ccccc1C(=O)Nc1ccc(CC(=O)O)c2c1ccn2C AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9513 Cc1ccccc1-c1ccc(N2CCN(C(=O)c3cccc(Oc4ccc5c(C(F)(F)F)cccc5c4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9514 Cc1ccccc1-c1ccc(N2CCN(S(C)(=O)=O)CC2)cc1 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9515 Cc1ccccc1-c1ccc(-n2nnc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2N)cc1 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9516 Cc1c(COc2ccc(NC(=O)COC(=O)c3ccc(O)cc3)cc2O)ccc2ccccc12 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9517 Cc1ccccc1-c1ccc(N2CCN(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)C(=O)C2)cc1 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9518 Cc1ccccc1-c1ccc(N2CCN(C(=O)c3cccc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9519 Cc1ccccc1-c1ccc(N2CCN(C(=O)c3ccccc3NC(=O)c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9520 Cc1nc(Nc2ccnc(C(=O)Nc3ccc(Cl)c(Cl)c3)n2)cc(N2CCNCC2)n1 AlphaDrug 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9521 Cc1nc(Nc2ncc(C(=O)Nc3c(C)cc(C(=O)NO)cc3Cl)s2)nc(-c2ccc3ccccc3c2)n1 AlphaDrug 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9522 Cc1nc(Nc2ccc(-c3cncc(C(=O)Nc4ccc(Cl)cc4)c3)nn2)cc(N2CCC(N3CCOCC3)CC2)n1 AlphaDrug 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9523 Cc1nc(Nc2ccc(-c3cncc(C(=O)Nc4cncc(Cl)c4)c3)nn2)cc2[nH]ncc12 AlphaDrug 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9524 Cc1nc(Nc2ccc(-c3cncc(C(=O)NC4CCC4)c3)nn2)nn1C AlphaDrug 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9525 Cc1nc(Nc2ccc(-c3cncc(C(=O)NO)c3)nn2)nc2[nH]ccc12 AlphaDrug 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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