DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9466 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2(C(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)CCC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9467 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(N4CCC(CC(=O)O)C4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9468 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(NC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9469 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(N2CCOCC2)cc1)c1cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9470 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2CCN(CC(C)C)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9471 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4cccc(F)c4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9472 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(N)=O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9473 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(NC(=O)CCCc1ccccc1)c1ccc(C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9474 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(C2CCN(CC(=O)N3CCCC3)CC2)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9475 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(CCCc2ccccc2)cc1)c1cccc(C(N)=O)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9476 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(CCCCc2ccccc2)cc1)C1CCCCC1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9477 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(NC(=O)CCc2ccccc2)cc1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9478 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccnc(C4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9479 Cc1cccc(C)c1[SH](=O)(Nc1ccc(N2CCOCC2)cc1)c1ccc(C2(C(N)=O)CC2)cc1 AlphaDrug 2Z3H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9480 CC(C)OC(=O)c1cccc2ccc(-c3ccc(O)c(C(C)(C)C)c3)cc12 AlphaDrug 5O1F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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