DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9496 Cc1cc(-n2cc(-c3ccc(C(Cc4ccccn4)C(F)(F)F)cc3)cn2)cc(Cl)c1C(=O)O AlphaDrug 4OGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9497 Cc1cc(C(F)(F)Cc2cccc(Cl)c2)ccc1-c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cn1 AlphaDrug 4OGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9498 Cc1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)nc2nc(C(=O)NC3CCN(C4CC4)CC3O)nc(-c3ccc(Cl)cc3)c12 AlphaDrug 4OGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9499 Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C(O)(Cc3ccccc3)C(F)(F)F)c2)cn1 AlphaDrug 4OGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9500 CCOC(=O)c1ccc(O)c(Sc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 6JAO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9501 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6JAO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9502 CCOC(=O)c1cnc(S(=O)(=O)N2CCc3cc(OC)c(OC)cc32)c(Cl)n1 AlphaDrug 6JAO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9503 CCOC(=O)c1ncc(-c2ccc(CC(=O)O)cc2)s1 AlphaDrug 6JAO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9504 CC(NC(=O)c1ccc(Cl)cc1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6JAO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9505 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc(NC(=O)c3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)c3ccccc3c2=O)cc1 AlphaDrug 6JAO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9506 COC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6JAO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9507 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccc(C)c(OC)c2)cc1 AlphaDrug 6JAO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9508 CCOC1CN(CCc2nc(NC(CO)COc3ccccc3)sc2C2CC2)C1=O AlphaDrug 6JAO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9509 CCOC(=O)c1cccc(Cn2nc(C(=O)O)nc2-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 6JAO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9510 Cc1ccccc1-c1ccc(N2CCC(COC(F)F)C2=O)cc1 AlphaDrug 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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