DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9556 CC(NC(=O)C(N)Cc1ccc(O)c(NC(=O)NC(Cc2ccc(-n3cccn3)cc2)C(F)(F)F)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 4U5O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9557 CC(NC(=O)C(N)Cc1ccc(O)c(NC(=O)NC(Cc2ccccc2)C(O)C2CC2)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 4U5O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9558 CC(NC(=O)C(N)Cc1ccc(O)c(NC(=O)NC(Cc2ccccc2)c2ccc(Cl)cc2)c1)C(C)(C)O AlphaDrug 4U5O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9559 N#Cc1ccn2c(-c3ccc(C(=O)Nc4ccc(F)c(N5CCC(N6CCOCC6)CC5)c4)c(F)c3)cnc2c1 AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9560 O=C(Nc1ccc(F)c(N2CCC3(CCNCC3)CC2)c1)c1ccc(-c2cnc3cccnn23)cc1F AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9561 N#Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(F)c(N3CCC4(C3)C(=O)NCCN4c3ccccc3)c2)c(F)c1 AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9562 Fc1ccc(Nc2ncc3c(-c4ccc(N5CCCCC5)cc4)n[nH]c3c2Cl)cc1 AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9563 O=C(Nc1ccc(F)c(N2CCC3(CC2)CNC3=O)c1)c1ccc(-c2cnccn2)cc1F AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9564 N#Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(Cl)c(Nc3cccc(N4CCNCC4)c3)c2)c(F)c1 AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9565 O=C(Nc1ccc(N2CCNCC2)cc1)c1ccc(-c2ccc3onc(-c4ccc(F)cc4)c3c2)cc1F AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9566 N#Cc1ccc2c(c1)ncn2-c1ccc(C(=O)Nc2ccc(F)c(N3CCNCC3)c2)c(F)c1 AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9567 Nc1nc(N2CCNCC2)ncc1NC(=O)c1ccc(-c2cnc3[nH]ncc3c2)cc1F AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9568 O=C(Nc1ccc(F)c(N2CCC3(CCNCC3)CC2)c1)c1ccc(-c2ccc3cn[nH]c3c2)cc1F AlphaDrug 5D0R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9569 COc1ccc(-c2cc(-c3nc(-c4ccc(Cl)cc4)no3)ccc2C2CCCCCC2)cc1 AlphaDrug 5DQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9570 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)ccc2NC(=O)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 5DQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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