Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9586	CC1(C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)CCN(c2ccccc2F)CC1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9587	CC1(C2CCCCC2)CCN(c2ccc(C(=O)NCc3nnc[nH]3)cc2)CC1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9588	Cc1ccc(N2CCCCC2)cc1NC(=O)c1cccc(N2CCC(C)(c3ccccc3)CC2)n1	AlphaDrug	4LLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9589	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(O/C=C/CNCCCN=C(N)N)cc3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9590	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3c(F)cccc3C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9591	CC(C)(C)c1cc(NC2CCCC2)nc(-c2ccc(F)c(NS(=O)(=O)c3cccc(F)c3)c2)n1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9592	CN(C(=O)C1CCCCCC1)c1cccc(-c2cccc(NC3CCCC3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9593	CN(C(=O)OCc1cccc(F)c1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9594	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(OCC(F)(F)F)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9595	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C#N)c3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9596	CN(C(=O)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(OCC(F)(F)F)cc3)c2)n1)C1CCCCC1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9597	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(S(N)(=O)=O)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9598	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9599	CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cncc(C3CCCCC3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9600	CN(C(=O)OCc1cccc(Cl)c1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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