DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9631 Cc1cccc(COC(=O)N(C)c2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9632 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NC3CCCC3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9633 Cc1cccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(N(C)C(=O)OCc4ccccc4)c3)c2)n1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9634 CN(C(=O)OCC1CCCC1)c1cccc(-c2cccc(NC3CCCC3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9635 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(N4CCNCC4)n3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9636 Cc1ccccc1OCc1cccc(COC(=O)N(C)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9637 CN(CCC(=O)N1CCCCCC2(CC2)N(CC2CCCCC2)CC1)C(=O)CC(=O)NN1CCCCC1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9638 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc([N+](=O)[O-])c3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9639 CN(C(=O)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)n1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9640 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NC3CCCCC3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9641 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(Nc3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9642 Cc1cc(CN2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2cccc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9643 CC(C)(C)c1cc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(NC(=O)Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)c2)ccc1CC(=O)O AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9644 CN(C(=O)OCc1ccccc1)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(Cl)c3)c2)c1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9645 CN(C(=O)OCc1cccc(-c2cccc(OCC(=O)Nc3ccccc3)c2)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

9631 to 9645 of 73725 items. Total 4915 pages.