DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9691 COc1cccc2c(CCCN3CCC(c4ccccc4)CC3)n(C)nc12 AlphaDrug 6EXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9692 COc1ccc(-n2cnc3c(-c4cccc(Cl)c4)cnn32)cc1 AlphaDrug 6EXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9693 COc1ccc(-n2cc(CNCC3(c4ccc(Cl)cc4)CC3)cc2C)cc1OCCCN1CCCC1 AlphaDrug 6EXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9694 COc1ccc(-n2c(-c3ccccc3)nnc2-c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6EXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9695 COc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1C1(c2ncc(C(F)(F)F)cn2)CCCC1 AlphaDrug 6EXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9696 COc1cc(-c2nc(-c3ccc(F)cc3)c(-c3ccccc3)nc2C)cc(O)c1OC AlphaDrug 6EXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9697 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)NC(=O)c1ccc(Cl)cc1)C(=O)NCC#N AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9698 CC(C)(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1cccc(-c2ccc3cccc(Oc4cccc(Cl)c4)c3c2)c1 AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9699 CC(C)(C)CC(NC(=O)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc(-c2cnccn2)c1)C(F)(F)F)C(=O)NS(=O)(=O)CCCN AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9700 CCCCCOc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(C(C)(C)C(=O)NNCc3cccc(OC)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9701 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1cccc(NC(=O)NS(C)(=O)=O)c1)NC(=O)c1cccc(F)c1)C(N)=O AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9702 CC(C)CC(NC(=O)CNC(=O)c1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NCc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9703 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)NC(=O)c1cccc(O)c1Cl)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9704 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)NC(=O)c1cc2cccc(O)c2[nH]1)C(=O)NCC#N AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9705 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)NC(=O)C(C)NC(=O)c1cccc(-c2ccccc2)c1)C(N)=O AlphaDrug 4Z1E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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