Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9721	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C)c(S(=O)(=O)N3CCC(c4cccc5ccccc45)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4POX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9722	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc4ccc(C(=O)O)cc4[nH]3)CC2)cc1	AlphaDrug	4POX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9723	O=C(NC1CNC(CO)C1)c1cc2c(OS(=O)(=O)O)cccc2[nH]1	AlphaDrug	4POX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9724	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccn(-c4ccc(S(C)(=O)=O)cc4)c3)C2)cc1	AlphaDrug	4POX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9725	Cc1ccccc1CNc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C#CC3CCN(S(C)(=O)=O)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4POX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9726	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc(-c4ccc(C(=O)O)cc4O)n[nH]3)CC2)cc1	AlphaDrug	4POX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9727	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN1c1ncnc2c(-c3ccon3)cccc12)C(=O)NCc1ccccc1	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9728	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN1c1ncnc2c(-c3ccoc3)cccc12)C(=O)NO	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9729	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(CC1CCNC(=O)OC1)C(=O)O)C(=O)O	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9730	Cc1ncnc(N2CCCC2C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NC(CC(C)C)C(C)C)n1	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9731	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN1c1ncnc2c(-c3ccccn3)cccc12)C(=O)NO	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9732	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN1c1ncc(-c2ccccc2)o1)C(O)C(=O)N(C)Cc1ccccc1	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9733	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN1c1ncnc2c(-c3ccc(Cl)cc3)c(Cl)ccc12)C(=O)NO	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9734	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN1c1ncc(-c2ccc(F)cn2)o1)C(=O)NO	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9735	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCC1C)C(C)O	AlphaDrug	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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