DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9781 CC(C)(C)c1ccc(C2CCN(C(=O)c3ccc4ccccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9782 CC(CC(C)(C)C(=O)Nc1ccccc1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9783 CC(C)c1ccc(C(=O)N2CCC(c3cccc(C(C)(C)C)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9784 CC(C)(C)c1ccc(C2CCN(C(=O)c3cccc(C(C)(C)C)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5OM7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9785 COc1cccnc1C(O)C(O)C(O)c1ccc(Cl)c(O)c1 AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9786 COC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccccc2)cc1C AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9787 COc1cc(C(O)C(O)c2ncccc2OC)ccc1Cl AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9788 COc1cccnc1C(=O)NCc1ccc(COc2nc(-c3ccccc3)no2)cc1 AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9789 COc1cccnc1C(O)C(Oc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cccc2nc(C(=O)O)ccc12 AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9790 COc1cccnc1C(Oc1cc(Cl)c(C(=O)NC2CC2)c(Cl)c1)C(=O)O AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9791 COc1cccnc1C(O)C(O)c1ccc(Cl)c(O)c1 AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9792 COc1cccnc1C(O)C(O)c1ccc(Cl)c(O)c1 AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9793 COc1ccc(C(OCc2ccccc2)c2ncccc2OC)cc1OC AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9794 COc1cccnc1C(O)C(O)C(O)c1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 6JB4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9795 O=C(COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)cc1)NS(=O)(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6EKQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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