Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9811	CC1(C)CCN(C(c2ccc(-c3ccc4c(-c5ccccc5)n[nH]c4c3)cc2)c2cccc3[nH]ncc23)CCO1	AlphaDrug	4QLL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9812	CC1(C)CCN(C(c2ccc(-c3ccc4c(-c5ccc(C(F)(F)F)cc5Cl)n[nH]c4c3)cc2)c2cnncn2)CCO1	AlphaDrug	4QLL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9813	CC1(C)CCN(C(c2ccncc2)c2ccc(-c3ccc4c(N)ncnc4n3)cc2)CCO1	AlphaDrug	4QLL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9814	COC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NC3C=CN(c4cncnn4)CC3)s2)cc1	AlphaDrug	4QLL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9815	CC(C)COc1ccc(-c2ccc3c(CO)cccc3n2)cc1C(=O)Nc1ccc(C(N)=O)cc1	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9816	Cc1c(-c2ccc(OCC(C)C)c(C(=O)Nc3cccc(C(N)=O)c3)c2)ccc(F)c1NC(=O)c1cccc(N2CCC(F)(F)C2)c1	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9817	C=CC(=O)Nc1cc(-c2ccc(OCC(C)C)c(C(=O)Nc3cccc(C(N)=O)c3)c2)ccc1F	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9818	CC(=O)Nc1nc(-c2ccc(OCC(C)C)c(C(=O)Nc3cccc(C(N)=O)c3)c2)ccc1F	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9819	Cc1c(-c2ccc(OCC(C)C)c(C(=O)Nc3cccc(C(N)=O)c3)c2)ccc(F)c1NC(=O)c1ccc(OC(F)(F)F)cc1F	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9820	C=CC(=O)Nc1cccc(NC(=O)c2cc(-c3cc(O)cc(OC4CC4)c3)ccc2OCC(C)C)c1	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9821	Cc1c(-c2ccc(OCC(C)C)c(C(=O)Nc3cccc(C(N)=O)c3)c2)ccc(F)c1NC(=O)c1cccc2ccccc12	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9822	CC(C)COc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3)c(C(N)=O)c2)cc1C(=O)Nc1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9823	CC(C)COc1ccc(-c2ccc(CN3CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC3)cc2)cc1C(=O)Nc1ccccc1	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9824	Cc1ccc(-c2ccc(OCC(C)C)c(C(=O)Nc3cccc(C(N)=O)c3)c2)cc1NC(=O)C1CC1	AlphaDrug	5ZW6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9825	O=C(O)CCCc1c[nH]c2ccc(O)cc12	AlphaDrug	6EPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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