Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9871	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5ccc(CC(=O)O)c6ccccc56)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9872	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4cnn(C5CCN(C(=O)CC(N)=O)CC5)c4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9873	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccccc5Cl)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9874	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-n5cnnc5C(C)(C)C)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9875	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5cccc(OCC(O)C(F)(F)F)c5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9876	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cc(N)ccc4O)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9877	Cc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(-c4nc5c(C)cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c5[nH]4)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9878	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(C(=O)NC5CCCCCCC5O)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9879	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5ccc(C(C)C)cc5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9880	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(C5CCN(c6ccccc6)CC5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9881	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(C5CCCCC5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9882	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5cccc(OCCCC(=O)O)c5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9883	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5cccc(O)c5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9884	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cccc(O)c4)c3)cc2)C=CN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9885	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5cn(CC(O)C(F)(F)F)cn5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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