Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9886	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(C5CCN(C(=O)C(C)CCC(=O)O)CC5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9887	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccccc5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9888	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc4nc(-c5ccccc5)ccc34)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9889	Cc1ccc(C(=O)O)cc1-c1cccc(C(Cc2cccc(O)c2)NC(=O)c2ccc(N3CCNC(C)C3)cc2)c1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9890	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3ccc(-c4ccc(OCC(=O)O)c5c4ccn5C)cc3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9891	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5cccc(OCC(F)(F)F)c5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9892	Cc1cc(C(=O)O)ccc1-n1cc(-c2cccc(C(Cc3cccc(O)c3)NC(=O)c3ccc(N4CCNC(C)C4)cc3)c2)cn1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9893	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4cnc(-c5ccccc5)cc4N)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9894	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cn(C5CCCCC5)nn4)c3)cc2)CC=N1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9895	Cc1cc(-c2cc3c(-c4ccccc4)cccc3o2)ccc1N1CCNC(C)C1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9896	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccc(C(=O)O)cc5CCCC(=O)O)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9897	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccccc5CCC(=O)O)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9898	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cn(C5CCN(C(=O)NCC(=O)O)CC5)nn4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9899	CC1CN(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9900	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5cccc(C(=O)O)c6cc(=O)[nH]c5-6)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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