Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9901	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5cccc(Cl)c5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9902	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5cccc(C(F)(F)F)c5)c4)c3)cc2)CC=N1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9903	Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc2)cc1-c1ccc(N2CCNC(C)C2)c(C)c1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9904	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5cn(C(=O)O)nn5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9905	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5ccc(C(=O)O)cc5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9906	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccccc5CC(F)(F)F)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9907	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc4nc(OCCC(O)C(C)(C)C)ccc34)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9908	CC(C)CCOC(=O)N1CCN(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(N3CCOCC3)c(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9909	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5ccc(O)cc5)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9910	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccc(C(=O)O)cc5CN5CCCC5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9911	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(C5CCN(C(=O)NCC(=O)O)CC5)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9912	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccc(C(=O)O)cc5CCC(=O)O)c4)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9913	CC1CN(c2cccc(NC(=O)c3cc(Oc4ccccc4)ccc3C(N)=O)c2O)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9914	Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(C(=O)NC(C)CC(=O)O)cc4)c3)nc12	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9915	CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnnn4C)c3)cc2)CCN1	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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