DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9961 CC(C)c1ccc(C(O)C(=O)Nc2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9962 CC(C)(C)c1cc(C(=O)NC2CCCCCCC2NC(=O)c2ccc(Cl)cc2)cc(Cl)c1O AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9963 CN1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)NC4CC4C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9964 CN1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9965 CN1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4C(=O)NO)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9966 CN1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(Cl)c(OCC(=O)NO)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9967 CN1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)NC4C5CCC4CC(OC(=O)c4ccc(F)cc4)C5)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9968 CN1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)NC(CO)c4ccc(Cl)cc4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9969 CN1C=CN(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(OC4CC4)c(C(=O)NC4CC(O)C4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9970 CN1CCC(C(=O)NC2CC(c3ccc(-c4ccc(Cl)cc4)cc3)C(=O)OC2=O)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9971 CN1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)NC(CO)Cc4ccccc4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9972 CN1CCC(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(Cl)c(SCC4CC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4U0W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9973 CC(=O)Nc1cccc(-c2nc(NC3CCC(C)(C)CC3)c3cc(-c4ccccc4)ccc3n2)c1 AlphaDrug 4W9H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9974 CC1(C)CCC(Nc2nc(-c3cccc(NC(=O)Nc4ccc(F)cc4)c3)nc3ccc(-c4ccccc4)cc23)CC1 AlphaDrug 4W9H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9975 CC1(C)CCC(Nc2nc(-c3cccc(NC4CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC4)c3)nc3ccc(Cl)cc23)CC1 AlphaDrug 4W9H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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