DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
9946 CC(C)CC(=O)Oc1ccc2nc(-c3cccc(-c4ccc(-c5ccc(C(=O)O)cc5)cc4)c3)[nH]c2c1O AlphaDrug 1TGM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9947 CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5cccc(OC(F)(F)F)c5)c4)c3)cc2)CCN1 AlphaDrug 1TGM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9948 CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4cnn(-c5ccc(C(F)(F)F)cc5)c4)c3)cc2)CCN1 AlphaDrug 1TGM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9949 CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc4nc(NCC(C)(C)C)ccc34)cc2)CCN1 AlphaDrug 1TGM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9950 CC1CN(c2ccc(C(=O)Nc3cc(N4CCCCC4)nc(N)c3C(N)=O)cc2)CCN1 AlphaDrug 1TGM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9951 CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc(O)c3)c3cccc(-c4ccc(-c5ccc(OC(C)C)cc5)cc4)c3)cc2)CCN1 AlphaDrug 1TGM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9952 Cc1cc(C(=O)NCC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3cccc(-c4ccc(-c5ccc(N)cc5)cc4)c3)nc12 AlphaDrug 1TGM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9953 Cc1cc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc3)ccc2O)ccc1N1CCNC(C)C1 AlphaDrug 1TGM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9954 Cc1c(-c2ccc(Cl)cc2OCc2ccccc2)sc(C(=O)O)c1C(=O)NCC(C)(C)O AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9955 CC(C)(C)c1cc(-c2ccc(Cl)cc2)cc(Cl)c1Oc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9956 CN1CCC1(C)C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(Cl)cc2Cl)cc1C(C)(C)C AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9957 CC(C)(C)c1ccc(C(O)(CC2CCC=CCC2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9958 CCc1ccc(C(=O)Nc2ccc(O)c(O)c2)cc1 AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9959 CC(C)(C)c1ccc(-c2cc(OCC(=O)O)c3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
9960 CC(C)(C)c1cc(-c2ccc(Cl)cc2)cc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(Cl)cc3Cl)CC2)c1 AlphaDrug 4OIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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