Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10006	O=C(Nc1ccc(Nc2cnccn2)cc1)Nc1ccc2ccccc2c1	AlphaDrug	5G61	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10007	O=C(Nc1ccc2ccccc2c1)Nc1cnc(-c2ccccc2)s1	AlphaDrug	5G61	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10008	O=C(Nc1ccc(Nc2nccc(-c3ccccn3)n2)cc1)N1CCCC1	AlphaDrug	5G61	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10009	O=C(Nc1cccc(-c2ccccc2)c1)Nc1cncc(C2CCNCC2)c1	AlphaDrug	5G61	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10010	O=C(Nc1cccc(Nc2nccc(-c3ccccn3)n2)c1)N1CCCC1	AlphaDrug	5G61	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10011	CNC(=O)c1ccc(C(C)(C)CNC(=O)c2cn(C)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10012	CNC(=O)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10013	CNC(=O)c1cn(-c2cc(O)c(O)c(O)c2)c2ccccc12	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10014	CNC(=O)c1ccc(C2(Nc3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)CCCC2)cc1	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10015	CNC(=O)c1ccc(-c2cc3cc(O)ccc3[nH]c2=O)cc1	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10016	CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10017	CNC(=O)c1ccc(-c2cc(OCc3cccc4ccccc34)c3ccccc3n2)cc1	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10018	CNC(=O)c1cn(-c2cc(O)cc(OCc3ccccc3)c2)c2ccccc12	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10019	COc1ccc(-c2cc3ccnc(Nc4ccc(C(N)=O)cn4)c3nc2C)cc1	AlphaDrug	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10020	Cc1ccc(C)c(NC(=O)Nc2ccc(-c3nc4ccc(C(=O)O)cc4[nH]3)cc2)c1	AlphaDrug	5VD3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

10006 to 10020 of 73725 items. Total 4915 pages.