Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
9841	CC1CCCCN1C(C)(C)Cc1cc(C(=O)NC(=O)N(Cc2cnc(C3CCCCC3)s2)C(N)=O)ccc1C1CCCCC1	AlphaDrug	4O2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9842	CC1CCCC(NC(=O)c2cc(N3CCC(C(=O)Nc4ccc(Cl)cc4)CC3)ccc2O)CC1	AlphaDrug	4O2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9843	CC1CCCC(NC(=O)c2cc(C(=O)N3CCC(NC(=O)c4cnc(N5CCOCC5)cc4N)CC3)ccc2O)CC1	AlphaDrug	4O2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9844	CC1CCCC(NC(=O)c2cc(C(=O)N3CCC(NC(=O)c4cnn(C)c4)CC3)ccc2O)CC1	AlphaDrug	4O2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9845	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1ccc2ccccc2c1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9846	Cc1cc(NC(=O)c2ccc3ccccc3c2)cc(C(=O)NC2CCCCC2NC(=O)c2ccc3cc[nH]c3c2)c1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9847	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1cccc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9848	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1ccc(C(C)(C)C)cc1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9849	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1ccc(-c2cncs2)cc1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9850	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCCN1C(=O)c1ccc2[nH]ncc2c1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9851	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1ccc2nc[nH]c2c1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9852	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1ccc(-c2cnn(C)c2)cc1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9853	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1ccc2nc(C3CC3)[nH]c2c1	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9854	CC(C)NC(=O)NC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1ccc(-c2cn[nH]n2)cc1F	AlphaDrug	6IOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
9855	CC1CC(O)C(C(=O)NS(=O)(=O)C2=CC=C3C(OCC(=O)O)=c4ccccc4=C32)C(O)C1O	AlphaDrug	1TGM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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